Первые упоминания о территории, на которой располагается Академический район, относится к XVII веку. В те времена здесь располагалась вотчина бояр Маховых Черемошье или Черемоши. На территории современного Академического района находилась небольшая деревня с барской усадьбой. Сегодня от боярского дома сохранился только Конный двор - часть усадьбы, принадлежавшей внуку сподвижника Петра I – военачальнику Меньшикову С. А. В настоящее время здесь размещается Всероссийский научно-исследовательский институт гельминтологии им. К. И. Скрябина.
В 1763 году в Черемошье была построена церковь Живоначальной Троицы, а в 2002 году была освещена и открыта часовня восстановлению Храма Живоначальной Троицы.
Академический район образован в сентябре 1991 года в результате нового административного деления столицы и занимает северо-восточную часть Юго-западного административного округа Москвы.
В районе развита инфраструктура, здесь находятся школы, гимназии, учреждения дошкольного образования, спортивные комплексы, поликлиники и городская клиническая больница № 64.